Spejder og soldat
Under den amerikanske borgerkrig (1861–65) tjente Cody først som unionsspejder i kampagner mod Kiowa og Comanche og senere (i 1863) tilsluttet sig det syvende Kansas Cavalry, der så handling i Missouri og Tennessee. Efter krigen arbejdede han for den amerikanske hær som civil spejder og forsendelsesbærer ud af Fort Ellsworth i Kansas (1866–67). I 1867–68 jagede han bøffel for at fodre bygningsbesætninger på Union Pacific Railroad. I løbet af denne periode siges han at have slagtet omkring 4.280 bøffelhoved, og han blev snart kendt som mesterbøffeldræberen på de store sletter.
Cody erhvervede sig et ry ikke kun for nøjagtig skyttefærd, men også for total tilbagekaldelse af det store terræn, han havde krydset, kendskab til indiske måder, mod og udholdenhed. Han var efterspurgt som spejder og guide, mest for det amerikanske femte kavaleri, gennem meget af regeringens forsøg på at udslette indisk modstand mod bosættelse af landet vest for Mississippi-floden (1868–76). I 1872 arrangerede general Philip Sheridan Cody og Lieut. Oberst George Armstrong Custer til at guide storhertug Alexis fra Rusland på en jagttur, der var blevet oprettet af den amerikanske præs. Ulysses S. Grant. Samme år blev Cody, der ofte tog farlige opgaver, som andre nægtede, tildelt æresmedaljen for sine heroiske handlinger den 26. april som spejder for en kontingent af det tredje kavaleri, der forfulgte indianere, der havde stjålet hærheste nær Fort McPherson i Nebraska. . (Æren blev tilbagekaldt i 1916 som en del af en generel gennemgang for at identificere personer, der havde modtaget prisen, men teknisk set ikke havde været medlemmer af militæret som officerer eller hvervede mænd. Spejdere blev klassificeret som civile. Imidlertid genoprettede den amerikanske hær medaljen. of Honor til Cody posthumt i 1989.) Under hans hærtjeneste fortsatte Codys omdømme med at vokse. Alt i alt antages han at have deltaget i 16 indiske kampe, herunder hans meget omtalte skalpering (17. juli 1876) af Cheyenne-krigeren Yellow Hair (fejlagtigt oversat som Yellow Hand) i Sioux amt, Nebraska, som blev hyldet som en svar på massakren på Custers kommando i slaget ved Little Bighorn tidligere på året.