Southeastern University byla založena v roce 1935 v New Brockton v Alabamě vrchním dozorcem Assemblies of God v Alabamě J. C. Thamesem a dalšími vůdci jihovýchodního okresu jako Alabamský štít Faith Institute. To bylo přejmenováno na jihovýchodní biblický institut (SEBI) v roce 1936. Původně sídlící v budově bývalé střední školy v New Brockton v Alabamě otevřelo své brány studentům 4. listopadu 1935 pod vedením čtyř členů fakulty. O dva roky později, v květnu 1937, se konaly první promoce. Sedmnáct studentů získalo diplomy za dvouletý akademický program.
SEBI pokračovala ve výuce v New Brockton až do roku 1940, kdy bylo rozhodnuto sloučit školu s biblickým institutem Beulah Heights v Atlantě ve státě Georgia. Škola byla v letech 1940 až 1942 známá jako Beulah Heights – jihovýchodní biblický institut. Na podzim roku 1942 přijali okresní superintendenti jihovýchodních okresů pozvání reverenda Ralpha Byrda a jeho sboru přemístit školu na jiné místo v Atlantě, kde byla opět přejmenována na SEBI. V roce 1946 správní rada školy hlasovala pro zajištění stálého umístění pro plný rozvoj školy. Později téhož roku bylo v Lakelandu na Floridě zakoupeno nové umístění kampusu. Areál Atlanty byl prodán a vývoj nového webu začal růst studentského těla v novém kampusu na střední Floridě spolu s akademickým programem.
Bushova kaple
SEBI se stala jihovýchodní Bible College v roce 1956, kdy škola začala nabízet čtyřleté bakalářské studijní programy. Po přidání stupňů vzdělání správní rada školy v roce 1977 změnila název školy na Southeastern College of the Assemblies of God. V roce 1986 byla jihovýchodnímu regionu udělena regionální akreditace Southern Association of Colleges and Schools Commission on Colleges. Akreditace byla znovu potvrzena v roce 1991, 2001 a 2011. V roce 2005 se Southeastern College oficiálně stala Southeastern University a začala nabízet své první magisterské studijní programy a vytvořila vysoké školy umění a věd, obchodu, křesťanských ministerstev a náboženství a vzdělávání. Od té doby univerzita také vytvořila vysoké školy behaviorálních a společenských věd a přírodních a zdravotnických věd. V roce 2014 zahájila svůj první doktorský program EdD.
V roce 2011 podnikla společnost Southeastern několik iniciativ, které vedly k rychlému růstu. Z 2 500 studentů v roce 2012 se škola rozšířila na 4 538 na podzim roku 2015, což je růst o 78% od roku 2011. V roce 2012 schválila společnost Southeastern doplnění ošetřovatelského programu a doplnění týmu univerzitního fotbalu. Fotbalová expanze zahrnovala výstavbu stadionu, který pojme 3 500 diváků, a atletického výcvikového střediska. Fotbalový tým Southeastern Fire odehrál svůj první domácí zápas na podzim roku 2014. Také v roce 2014 škola otevřela nová baseballová a fotbalová zařízení. V roce 2015 byla zahájena stavba několika nových akademických budov, nového atletického komplexu včetně tělocvičny a osmiproudé dráhy. Na podzim roku 2015 otevřela společnost Southeastern novou budovu přírodních a zdravotnických věd o rozloze 27 000 metrů čtverečních. Nové zařízení zahrnuje hlediště, chemické laboratoře, počítačové laboratoře, vyšetřovací místnosti, místnosti péče o pacienty a laboratoř pro simulaci ošetřovatelství. V létě roku 2015 došlo k demolici Spence Hall, Lindsey Science Building a Music Hall, aby se vytvořilo místo pro zařízení Live / Learn, známé jako Buena Vida. Zařízení o rozloze 125 000 čtverečních stop bylo dokončeno na podzim roku 2016 a zahrnuje učebny, kanceláře fakulty, ubytování studentů a potravinářský soud. První segment Buena Vida, sborový a zkušební sál, byl otevřen v září. Celkové náklady na program rozšiřování se budou pohybovat mezi 25 až 50 miliony dolarů.
Southeastern nabízí 55 bakalářských, 16 magisterských a dva doktorské tituly. Vzhledem k tomu, že prezident Kent J. Ingle přišel na jihovýchod v roce 2011, univerzita spustila 80 poboček po celé zemi, což je nárůst oproti 50. pobočkám v předchozím roce. Stránky jsou ve 29 státech, včetně Floridy, která má 19. tituly nabízené na těchto webech zahrnují řadu přidružených, bakalářských a magisterských titulů v ministerstvu a vedení.