Země, kterou nyní Six Flags Hurricane Harbor Splashtown zabírá, byla na začátku 80. let domovem zábavního parku známého jako Hanna-Barbera Land. Hanna-Barbera Land fungovala pouze dvě sezóny, než její majitelé, společnost Kings Entertainment Company, prodali park soukromým investorům. V zábavním parku byly odstraněny všechny jeho jízdy a noví majitelé instalovali aquapark s několika tobogány. Hodně z viktoriánských budov parku, pouliční osvětlení a terénní úpravy zůstaly. Společnost Splashtown USA se krátce poté otevřela veřejnosti.
V 90. letech park dvakrát změnil majitele: nejprve v roce 1994 rodina Morrisů a poté do společnosti Six Flags v květnu 1999. Akvizici provedla společnost Six Flags, aby odstranila konkurenci parku v aquaparku Six Flags WaterWorld, který se také nachází v Houstonu. V roce 2000 byl park přejmenován na Six Flags SplashTown.
Po uzavření Six Flags WaterWorld a přilehlého Six Flags AstroWorld v říjnu 2005 se společnost Six Flags zapojila do restrukturalizace Six Flags SplashTown, která vyústila v ukončení funkce generálního ředitele, provozního manažera a manažera stravovacích služeb v parku. počátkem listopadu 2005. V lednu 2006 bylo oznámeno, že bývalý Operations Manager WaterWorld bude novým Splashtown Operations Managerem. Několik atrakcí WaterWorld bylo přemístěno do SplashTownu. Park prošel „faceliftem“ i celkovým úklidem, aby byl připraven na den zahájení 28. dubna 2006. Vchod dostal novou značku s přidáním zrekonstruovaných budov a prodejní stánky.
V lednu 2007 společnost Six Flags oznámila, že SplashTown bude spolu s dalšími šesti parky prodán za celkem 312 milionů USD. Podle dohody společnost Six Flags prodala nemovitosti společnosti PARC Management, která v zase prodal nemovitosti společnosti CNL Lifestyle Properties. CNL by poté pronajala nemovitosti zpět do správy PARC na základě 52letého nájmu trojnásobného čistého zisku. Avšak po méně než třech letech uzavření 52letých smluv CNL ukončila své dohody se společností PARC Management v listopadu 2010. Na začátku roku 2011 jmenovala CNL novými provozovateli parku společnost Premier Attractions Management, LLC (nyní Premier Parks, LLC). Společnost s ručením omezeným byla v té době vedena bývalými zaměstnanci Six Flags Kieranem Burkem, bývalým předseda a generální ředitel a Gary Story, bývalý prezident a provozní ředitel.
V listopadu 2013 získala společnost CNL Lifestyle Properties práva na značku Wet „n“ Wild ve Spojených státech od australské firmy Village Roadshow Theme Parky. V následujících měsících přejmenovala CNL několik svých nemovitostí na vodní parky Wet „n“ Wild, včetně SplashTown Houston, který se stal Wet „n“ Wild SplashTown. Samotný park prošel rekonstrukcí za miliony dolarů.
Na konci roku 2016 společnost CNL Lifestyle Properties oznámila, že prodává vlastnictví patnácti atrakcí, včetně Wet „n“ Wild Splashtown, spolu s pěti malými rodinnými zábavními centry společnosti EPR Properties za přibližně 456 milionů USD. Transakce byla dokončena v dubnu 2017. Premier Parks LLC zůstala jako provozovatel.
22. května 2018 získala společnost Six Flags leasingová práva od společnosti Premier Parks LLC za účelem správy několika parků ve vlastnictví společnosti EPR Properties. Splashtown byl renovován v offseason a v roce 2019 změnil svůj název na Six Flags Hurricane Harbour Splashtown.
Kvůli rostoucím obavám z pandemie COVID-19 oznámila společnost Six Flags v březnu pozastavení činnosti v celé společnosti 13, 2020. Otevření Six Flags Hurricane Harbour Splashtown bylo naplánováno na sezónu 2020 22. května, ale vydalo nové datum otevření 29. června. 26. června, tři dny před novým datem otevření, vodní park oznámil, že jeho znovuotevření bylo odloženo na neurčito, aby bylo možné dodržovat pokyny místní správy kraje. Na začátku srpna představitelé parku oznámili, že provozní sezóna 2020 byla zrušena a společnost Six Flags Hurricane Harbour Splashtown se těší na opětovné otevření v roce 2021. Byla by to první sezóna, kdy vodní park nebude fungovat od svého založení v roce 1984.