Budova, která je nyní domovem Museo Nacional del Prado, byla navržena v roce 1785 architektem španělského osvícenství Juanem de Villanuevou na příkaz Karla III. Kabinet historie. O konečné funkci budovy však nebylo rozhodnuto, dokud se monarchův vnuk Ferdinand VII., Povzbuzovaný jeho manželkou, královnou Maríou Isabel de Braganza, rozhodl použít jako nové Královské muzeum obrazů a soch. Královské muzeum, které se brzy stalo známým jako Národní muzeum malířství a sochařství, a následně Museo Nacional del Prado, bylo veřejnosti poprvé otevřeno v listopadu 1819. Bylo vytvořeno s dvojím cílem ukázat díla umění patřící ke španělské koruně a aby zbytku Evropy prokázal, že španělské umění má stejnou hodnotu jako každá jiná národní škola. Toto muzeum také v průběhu 19. a 20. století potřebovalo několik rekonstrukcí, a to z důvodu nárůstu sbírky i nárůstu veřejnosti, která chce vidět veškerou sbírku, kterou muzeum pořádalo.
V hlavní výstavní síni v prvním patře
První katalog muzea, Publikováno v roce 1819 a věnováno výhradně španělské malbě, zahrnovalo 311 obrazů, ačkoli v té době bylo v muzeu umístěno 1510 z různých královských rezidencí Reales Sitios, včetně děl z jiných škol. Mimořádně důležitá královská sbírka, která tvoří jádro dnešního Museo del Prado, se začala významně rozšiřovat v 16. století za Karla V. a pokračovala za následujících panovníků Habsburků a Bourbonů. Jejich úsilí a odhodlání vedly k tomu, že Královská sbírka byla obohacena o některá mistrovská díla, která jsou nyní k vidění v Pradu. Patří mezi ně Sestup z kříže od Rogiera van der Weydena, Zahrada pozemských rozkoší od Hieronymous Bosche, Rytíř s rukou na prsou od El Greca, Smrt panny od Mantegny, Svatá rodina, známá jako „La Perla“ „, Raphael, Karel V. v Mülhbergu od Tiziana, Kristus Umyje nohám učedníků od Tintoretta, Dürerův autoportrét, Las Meninas od Velázqueze, Tři milosti od Rubense a Rodina Karla IV. od Goyi.
Kromě děl ze španělské královské sbírky vzrostly i další fondy a obohatily muzeum o další mistrovská díla, jako jsou dva Majovy od Goyi Mezi nyní uzavřenými muzei, jejichž sbírky byly přidány do sbírky Prado w bylo Museo de la Trinidad v roce 1872 a Museo de Arte Moderno v roce 1971. Kromě toho má pro růst sbírky zásadní význam četné dědictví, dary a nákupy. Různá díla vstoupila do Prada z Museo de la Trinidad, včetně Fontány milosti od školy Van Eyck, oltářních obrazů Santo Domingo a San Pedro Martír namalovaných pro klášter Santo Tomás v Ávile od Pedra Berruguete a pěti pláten El Greco popraven za Colegio de doña María de Aragón. Většina obrazů muzea z 19. století pochází z bývalého Museo de Arte Moderno, včetně děl Madrazos, José de Madrazo y Agudo a Federico de Madrazo, Vicente López, Carlos de Haes, Eduardo Rosales a Sorolla.
Po depozici Isabelly II. v roce 1868 bylo muzeum znárodněno a získalo nový název „Museo del Prado“. V budově byla umístěna královská sbírka umění a ta se rychle ukázala jako příliš malá. První rozšíření muzeum se konalo v roce 1918. Od vzniku muzea Museo del Prado bylo do jeho sbírky začleněno více než 2300 obrazů, stejně jako četné sochy, tisky, kresby a umělecká díla prostřednictvím odkazů, darů a nákupů, které tvoří většinu Nové akvizice. Četné odkazy obohatily sbírky muzea, například vynikající sbírka medailí, které muzeu nechal Pablo Bosch; kresby a předměty dekorativního umění, které zanechal Pedro Fernández Durán, stejně jako mistrovské dílo Van der Weydena, Duran Madonna; a odkaz Ramóna de Errazu na obrazy z 19. století. Obzvláště důležité dary zahrnují dar Baróna Emile d „Erlangera“ Goyovy černé obrazy v roce 1881. Mezi četná díla, která se do sbírky dostala nákupem, patří některá vynikající díla získaná v posledních letech, včetně dvou děl El Greca, Bajky a Útěku do Egypta, získaných v letech 1993 a 2001, Goyovy knihy Hraběnka z Chinchonu koupila v roce 2000 Velázquezův Portrét Ferdinanda Brandaniho získaného v roce 2003 a Fra Angelico Madonnu z granátového jablka v roce 2016.
V letech 1873 až 1900 Prado pomohlo vyzdobit radnice, nové univerzity a kostely. Během druhé španělské republiky od roku 1931 do roku 1936 byl kladen důraz na rozvoj provinčních muzeí. Během španělské občanské války pracovníci muzea na doporučení Společnosti národů odstranili 353 obrazů, 168 kreseb a Dauphinův poklad a zaslali toto umění do Valencie, později do Girony a nakonec do Ženevy. vrátit se přes francouzské území v nočních vlacích do muzea na začátku druhé světové války. Během prvních let diktatury Franciska Franca bylo na ambasády odesláno mnoho obrazů.
Hlavnímu promenádnímu vstupu dominuje tato bronzová socha Diega Velázqueza z roku 1899 od Aniceta Marinase
Hlavní budova byla v letech 1900 až 1960 rozšířena o krátké pavilony v zadní části. Dalším rozšířením bylo začlenění dvou budov (poblíž, ale ne sousedících) do institucionální struktury muzea: Casón del Buen Retiro, který je vybaven k vystavení až 400 obrazů, na nichž byla umístěna převážná část umění 20. století od roku 1971 do 1 997, a Salón de Reinos (budova trůnu), dříve armádní muzeum.
V roce 1993 bylo po vlně války rychle opuštěno rozšíření navržené v té době ředitelem Prada, Felipe Garinem. kritika. Na konci 90. let přinutila střešní práce za 14 milionů dolarů velázquezské mistrovské dílo Las Meninas dvakrát změnit galerie. V roce 1998 byla přístavba Prado v nedalekém Casón del Buen Retiro uzavřena na dvouletou generální opravu ve výši 10 milionů dolarů, která zahrnovala tři nové podzemní úrovně. V roce 2007 muzeum nakonec uskutečnilo projekt Rafaela Monea na rozšíření své výstavní místnosti na 16 000 metrů čtverečních v naději, že se roční počet návštěvníků zvýší z 1,8 milionu na 2,5 milionu.
Kavárna v podzemní přístavbě od Rafaela Moneo
Foyer se skleněnou střechou a klínem obsahuje muzejní obchody a kavárnu a odstraňuje je z hlavní budovy, aby vytvořil více prostoru pro galerie. Klášter Jerónima ze 16. století byl odstraněn kámen po kameni, aby vytvořil základy pro zvýšenou stabilitu okolních budov, a bude znovu smontován v přístavbě nového muzea. K zabránění pádu stěn suterénu bylo nutné použít hydraulické zvedáky Rozšíření je podzemní budova, která spojuje hlavní budovu s další zcela zrekonstruovanou.
V listopadu 2016 bylo oznámeno, že britský architekt Norman Foster ve společném projektu s Carlosem Rubiem Carvajalem má zrekonstruovat Síň říší, která kdysi byla součástí paláce Buen Retiro, a přeměnit ji na přístav Prado v hodnotě 32 milionů dolarů. Muzeum oznámilo výběr Fostera a Rubia poté, co porota přezkoumala návrhy osmi finalistů soutěže – včetně Davida Chipperfield, Rem Koolhaas a Eduardo Souto de Moura -, kteří již byli vybráni z počátečního seznamu 47 mezinárodních týmů architektů. Budovu získal Prado v roce 2015 poté, co sloužil jako armádní muzeum do roku 2005. Projekt je navržen tak, aby poskytl Pradu přibližně 61 500 čtverečních stop dalšího dostupného prostoru, z nichž asi 27 000 čtverečních stop bude použito k vystavení děl.