Matthias Jakob Schleiden se narodil v Hamburku 5. dubna 1804. Jeho otec byl městským lékařem v Hamburku. Schleiden pokračoval v právnickém studiu, které ukončil v roce 1827. Poté zahájil právní praxi, ale po období emoční deprese a pokusu o sebevraždu změnil povolání.
Vystudoval přírodní vědy na univerzitě v Göttingenu v Göttingenu v Německu, ale v roce 1835 přešel na univerzitu v Berlíně, kde studoval rostliny. Johann Horkel, Schleidenův strýc, ho povzbudil ke studiu rostlinné embryologie.
Svou lásku k botanice brzy rozvinul na plný úvazek. Schleiden raději studoval strukturu rostlin pod mikroskopem. Jako profesor botaniky na univerzitě v Jeně napsal Příspěvky k našim znalostem o fytogenezi (1838), ve kterých uvedl, že všechny rostliny se skládají z buněk. Schleiden a Schwann tedy jako první formulovali tehdejší neformální víru jako princip biologie, která má stejný význam jako atomová teorie chemie. Rovněž uznal význam buněčného jádra, objeveného v roce 1831 skotským botanikem Robertem Brownem, a vycítil jeho souvislost s buněčným dělením.
Stal se profesorem botaniky na univerzitě v Dorpatu v roce 1863. Došel k závěru, že všechny části rostlin jsou vyrobeny z buněk a že z jedné buňky pochází embryonální rostlinný organismus.
Zemřel ve Frankfurtu nad Mohanem 23. června 1881.
Die Entwickelung der Meduse („Vývoj Medusæ“) ve Schleidenově Das Meer