Po vypuknutí druhé světové války napsal princ Louis francouzskému premiérovi Édouardovi Daladierovi nabídku služby ve francouzské armádě. Jeho nabídka byla odmítnuta, a tak převzal nom de guerre Louise Blancharda a připojil se k francouzské cizinecké legii, kde před demobilizací v roce 1941 sledoval akci v severní Africe, v návaznosti na druhé příměří v Compiègne. Poté se připojil k francouzskému odboji a byl Němci zatčen poté, co se na cestě do Londýna pokusil překročit Pyreneje, aby se připojil k vůdci Svobodných Francouzů Charlesi de Gaulle. Po svém zatčení pobýval v různých věznicích, včetně Fresnes. Po svém propuštění nastoupil do francouzské odbojové skupiny Organisation de Résistance dans l „Armee pod jménem Louis Monnier. Dalším členem brigády Charlese Martela, ke kterému patřil, byl jeho bratranec Joachim, princ Murat, který byl zabit v červenci 1944. Princ Sám Louis těsně unikl smrti o měsíc později, když byl 28. srpna těžce zraněn jako součást sedmičlenné hlídky, která byla napadena; byl jediným, kdo přežil. Po svém uzdravení se připojil k alpské divizi a později byl vyznamenán za statečnost.
Po válce žil ve Švýcarsku a nepravidelně v Paříži až do roku 1950, kdy byl zrušen zákon o vyhoštění před hlavami francouzských vládnoucích dynastií.
Prince Louis se stal úspěšným podnikatelem s řadou finančních zájmů v Africe. V roce 1951 poslal princ pamětní věnec s napoleonskými znaky „N“ na pohřeb Williama, německého korunního prince, syna sesazeného německého císaře Wilhelma II. Toto bylo v té době považováno za ironické gesto monarchistů, vzhledem k tomu, že to byl Německý rod Hohenzollernů, který během francouzsko-pruské války v roce 1870 porazil a sesadil z trůnu vlastní císařský dům Ludvíka Napoleona.
Po smrti prince Louise ve švýcarském Prangins označil za svého nástupce svého vnuka, prince Jean-Christophe Napoléona, a obešel tak svého staršího syna, prince Charlese Napoléona.