Bioptický odběr žaludeční sliznice při diagnostické endoskopii poskytuje informace, které nelze získat jinými způsoby. Nejběžnější indikací pro biopsii žaludku je potřeba vědět, zda je pacient infikován Helicobacter pylori či nikoli, a zda je žaludek gastritický či nikoli. Mikroskopické vyšetření vzorků žaludeční biopsie poskytuje kromě stavu H. pylori informace o stupni, rozsahu a topografii lézí souvisejících s gastritidou a atrofií v žaludku. Tato informace poskytuje další příležitosti pro posouzení rizika a pravděpodobnosti různých žaludečních poruch. Jsou to: a) Převaha nebo omezení gastritidy související s H. pylori v antu silně koreluje se zvýšeným rizikem peptické vředové choroby, zejména duodenálního vředu (fenotyp gastritidy duodenálního vředu). b) Přítomnost atrofické gastritidy (ztráta normálních žláz) v oblasti těla žaludku naznačuje nízké riziko vředů a také snížení schopnosti pacienta vylučovat kyselinu. c) Výskyt pokročilé atrofické gastritidy a intestinální metaplazie multifokálně v žaludku (pokročilá multifokální atrofická gastritida) a zejména v menším zakřivení a úhlovém zářezu jsou znaky naznačující zvýšené riziko žaludečních neoplazií (fenotyp gastritidy na rakovinu žaludku). ). d) Přítomnost normální a zdravé žaludeční sliznice naznačuje na druhé straně extrémně nízké riziko jak peptické vředové choroby, tak rakoviny žaludku. Kromě diagnózy gastritických lézí souvisejících s H. pylori mohou rutinní biopsie žaludku odhalit nálezy, které naznačují speciální formy gastritidy, jako je eozinofilní, lymfocytární, reaktivní nebo granulomatózní gastritida (např. Crohnova gastritida) nebo gastritida Helicobacter heilmannii. .Tyto typy gastritidy lze náhodně nalézt u malého procenta pacientů, kteří podstoupí diagnostickou gastroskopii pro břišní potíže.