Struktura a rozsah dějin
Hérodotův předmět v jeho Dějinách jsou války mezi Řeckem a Persií (499–479 př. N. L.) A jejich přípravné zápasy. Historie, která přežila, je rozdělena do devíti knih (rozdělení není autorem): Knihy I – V popisují pozadí řecko-perských válek; Knihy VI – IX obsahují historii válek, které vyvrcholily zprávou o invazi perského krále Xerxese do Řecka (kniha VII) a velkými řeckými vítězstvími v Salamis, Plataea a Mycale za 480–479 př. N. L. V Dějinách existují dvě části, jedna je systematickým vyprávěním války v letech 480–479 s jejími přípravami od roku 499 (včetně Jónské vzpoury a bitvy o Marathon v knize VI), druhou je příběh o růstu a organizace Perské říše a popis její geografie, sociální struktury a historie.
Moderní učenci se neshodují v tom, zda Herodotus od prvního měl na mysli toto uspořádání, nebo začal se schématem pouze pro jednu část, buď s popisem Persie, nebo s historií války, a pokud ano, s jakým. Jeden pravděpodobný názor je, že Herodotus začal s plánem na historii války a že později se rozhodl pro popis samotné perské říše. Člověk jako Herodotus si musel položit otázku, co znamenají perské invazní síly. Hérodotos byl hluboce ohromen nejen velkou velikostí perské říše, ale také rozmanitou a polyglotní povahou své armády, která byla dosud sjednocena do jediného velení, což je v naprostém kontrastu s řeckými silami s jejich politickými divizemi a spornými veliteli, ačkoli Řekové sdíleli společný jazyk, náboženství a způsob myšlení a stejný pocit z toho, za co bojovali. Tento rozdíl musel být vysvětlen jeho čtenářům a za tímto účelem popisuje říši.
Logickou souvislost mezi těmito dvěma hlavními částmi lze najít v knize v knize VII západního pochodu Xerxes „obrovská armáda od Sardis po Hellespont na cestě k přechodu mostem lodí do vlastního Řecka. Nejprve přichází příběh o Xerxesově aroganci a petulance, následovaný další jeho divokou a autokratickou krutostí, a poté přichází dlouhý podrobný popis samostatných vojenských kontingentů armády pochodujících jako na přehlídce, následovaný podrobným výčtem všech národní a rasové prvky v obrovské invazní síle.
Hérodotos popisuje v knihách I – IV historii a součásti perské říše. Jeho metodou na účet říše je popsat každé její rozdělení nikoli v geografickém pořadí, ale spíše tak, že každé bylo dobyté Persií – následnými perskými králi Kýrem, Kambýsem a Dáriem. (Jedinou výjimkou z tohoto uspořádání je Lydia, se kterou se na počátku historie zachází ne proto, že byla poprvé dobytá, ale proto, že byla první cizí zemí, která zaútočila a překonala řecká města Malá Asie.)
Na první část knihy I, historii a popisu Lydie a jejího dobytí Peršany, navazuje příběh samotného Kýra, jeho porážky Médů a popisu vlastní Persie, jeho útoku na Massagetae ( na severovýchodě, směrem ke Kaspickému moři) a jeho smrt. Kniha II obsahuje posloupnost Kambýsse, Kýrova syna, jeho plán zaútočit na Egypt a nesmírně dlouhý popis této jedinečné země a její historie. Kniha III popisuje dobytí Peršanů Egyptem, neúspěch jejich invazí na jih (Etiopie) a západ; šílenství a smrt Kambýsse; boje o nástupnictví v Persii, končící volbou Dariuse jako nového krále; jeho organizaci obrovské nové říše, s jistými informacemi o nejvzdálenějších provinciích až na východě Baktrie a severozápadě Indie; a vnitřní vzpoury potlačené Dariusem. Kniha IV začíná popisem a historií skýtských národů, od Dunaje po Don, na které Darius navrhl zaútočit přechodem přes Bospor, a jejich země a Černého moře.
Poté následuje příběh perské invaze do Scythie, která s sebou přinesla podrobení se více řeckých měst, například Byzance; současného útoku Peršanů z Egypta na Libyi, který byl kolonizován Řeky; a popis této země a její kolonizace. Kniha V popisuje další perské pokroky do vlastního Řecka od Hellespontu a podrobení Thrákie a Makedonie a mnoha dalších řeckých měst perské moci, poté začátek vzpoury řeckých měst Ionie proti Persii v roce 499, a tak i hlavní předmět celé práce.