Klub sleduje jeho kořeny v roce 1889–1890 výletu Williama K. Vanderbilta, Edwarda Meade a Duncana Crydera do Biarritzu v jižní Francii, kde se setkali s mistrovským golfistou Williem Dunnem. , ze Skotska, který v resortu stavěl golfové hřiště.
Po Spojených státech hledali Meade a Cryder místo pro golfové hřiště poblíž New Yorku. Meade, známý svými kovbojskými obchodními komoditami, byl přesvědčen, že ideální místo bude stát New York, ale Cryder upřednostňoval pozemek v Yonkers. Nakonec si vybrali písečné kopce sousedící s Long Island Rail Road východně od Shinnecockského kanálu. Originální pozemek o rozloze 80 hektarů (32 ha) byl zakoupen od vývojářů za 2 500 $ a 44 původních členů se zaregistrovalo po 100 $.
Willie Davis, klubový profesionál z Royal Montreal Club, navrhl 12jamkový kurz, který byl otevřen koncem léta 1891. Členové indického národa Shinnecock pomohli vybudovat kurz, který se rozkládá na velkém území, o kterém si národ nárokuje, že jej nelegálně převzali dřívější osadníci v této oblasti v roce 1859. Klub dnes ctí jeho spojení k dědictví národa se znakem zobrazujícím indiánského náčelníka. Stanford White navrhl klubovnu z roku 1892, o které se říká, že je nejstarší golfovou klubovnou ve Spojených státech. V Shinnecock Hills bylo v roce 1893 navrženo a postaveno devítijamkové dámské hřiště, první dámské golfové hřiště v americké historii.
1901
V roce 1894 dorazil Dunn a přidal dalších šest jamek, čímž celkový počet dosáhl 18. Ten stejný rok Dunn vyhrál turnaj, který byl úvodním pokus o založení národního šampionátu v Newportu na Rhode Islandu, ale toto vítězství nebylo uznáno jako oficiální. Později v roce 1894 byl Shinnecock Hills jedním z pěti zakládajících klubů United States Golf Association se sídlem v New Yorku. Nová USGA uspořádala první US Open v roce 1895 v Newportu na Rhode Islandu.
V roce 1896 se v tehdejších –5 000 yardech (4 570 m) Shinnecock konal druhý US Open. Mnoho hráčů na 36 jamkách prolomilo 80, což vedlo k požadavkům na zvýšení obtížnosti hřiště. Na Open 1896 se účastnil černý profesionální hráč John Shippen, o kterém mnozí historici věřili, že byl prvním golfovým profesionálem narozeným v USA.
V roce 1901 byl dámský kurz začleněn do prodlouženého a přepracovaného kurzu Charlesem B. Macdonaldem a Sethem Raynorem, přičemž si ponechalo pět Dunnových původních jamek.
William Flynn značně přepracoval hřiště v roce 1931 do konfigurace 6 740 yardů (6 163 m). Flynnův design si zachovává pět jamek od Macdonalda a Raynora a zelenou šestou jamku navrženou těmito dvěma. Před US Open v roce 2004 bylo hřiště rozšířeno na délku 6 996 yardů (6 397 m) přidáním dalších odpališť.
Shinnecock Hills se umístila na druhém místě v žebříčku 100 největších kurzů Golf Digest pro 2007, 2008 a třetí v roce 2009.
Jeho směrování bylo zachováno a v rámci přípravy na US Open 2018 bylo přidáno několik nových odpališť; kurz byl rozšířen na 7 440 yardů, přičemž si zachoval par 70. V Shinnecock Hills je naplánováno hostování US Open 2026.
Klub také udržuje devítijamkové sekundární hřiště, které mohou využívat jeho členové.