Vědci používají tři různé typy sond FISH, z nichž každá má jiné použití:
Locus specifické sondy se vážou na konkrétní oblast chromozóm. Tento typ sondy je užitečný, když vědci izolovali malou část genu a chtějí zjistit, na kterém chromozomu se gen nachází, nebo kolik kopií genu existuje v konkrétním genomu.
Alphoid nebo centromerické opakovací sondy jsou generovány z opakujících se sekvencí, které se nacházejí uprostřed každého chromozomu. Vědci pomocí těchto sond určují, zda má jedinec správný počet chromozomů. Tyto sondy lze také použít v kombinaci s „lokusově specifickými sondami“ k určení, zda jednotlivci chybí genetický materiál z konkrétního chromozomu.
Celé chromozomové sondy jsou ve skutečnosti soubory menších sond, z nichž každá se váže na jinou sekvenci po délce daného chromozomu. Pomocí více sond značených směsí různých fluorescenčních barviv jsou vědci schopni označit každý chromozom v jeho vlastní jedinečné barvě. Výsledná plnobarevná mapa chromozomu je známá jako spektrální karyotyp. Celé chromozomální sondy jsou zvláště užitečné pro zkoumání chromozomálních abnormalit, například když je část jednoho chromozomu připojena ke konci jiného chromozomu.
U mnoha aplikací byla FISH do značné míry nahrazena použitím mikročipů . FISH však pro některé testy zůstává užitečný. FISH lze také použít ke studiu srovnání chromozomálních uspořádání genů napříč příbuznými druhy.