V roce 1955 Ing. Karel Hartl začal uvažovat o přechodu karpatských šedých vlků s německým ovčákem (německy: Deutscher Schäferhund, česky: Německý ovčák, slovensky: Nemecký ovčiak) jako vědecký experiment na vojenských chovatelských stanicích v Československu. O několik let později se však zrodila myšlenka založit nové plemeno. První hybridy vlčí fenky Brity a německého ovčáka jménem Cézar se narodili 26. května 1958 v Libějovicích.
Štěňata první generace svým vzhledem a chováním připomínala vlka. Jejich výchova byla obtížná; trénink byl možný, ale výsledky těžko odpovídaly vynaloženému úsilí. V dospělosti byli opět chováni s německými ovčáky, což ve čtvrté generaci snížilo podíl vlčí krve na 6,25%. Většina jednotlivců třetí a čtvrté generace mohla navštěvovat normální kurz a mohla být zařazena do služebního výkonu. Ve srovnání se psy měli lepší navigační schopnosti, noční vidění, sluch a čich. V testech odolnosti absolvovali hybridy celou 100 km trasu bez vyčerpání.
Přednáška Ing. Karel Hartl, „Výsledky křížení vlků se psy“, upozornil na Světovou výstavu psů v červnu 1965 v Brně a v Praze na výročním zasedání Fédération Cynologique Internationale (FCI) a Mezinárodního kynologického kongresu. V následujícím roce Ing. Hartl sestavil návrh standardu nového plemene psa. Krytí vlky Brity s německým ovčákem Kurtem pak vytvořilo základ pro druhou linii. Třetí linie byla vytvořena spojením vlka Arga se samicí německého ovčáka Asty z SNB. V roce 1977 byla hybridní žena třetí generace pohraniční stráže jménem Xela kryta vlkem Sarikou; také se spojil s ženskou Ortou pohraniční stráže.
Nadace plemene však opakovaně odmítla uznání a v 70. letech byla většina plemenných psů pod dohledem místopředsedy majora Františka Rosíka přesunuta do slovenských vojenských chovatelských stanic poblíž Malack. V letech 1971–1981 se vrhy rodily pouze na Slovensku. V roce 1982 byl v Brně založen Klub chovatelů československého vlčáka (Klub chovatelů československého vlčáka) s působností nad celým územím bývalého Československa.
V roce 1982 bylo plemeno opět předáno k uznání Františkovi Rosíkovi prostřednictvím Klubu chovatelů československých vlkodavů (nyní rozděleného na český a slovenský chovatelský klub) a tentokrát jej uznaly československé chovatelské svazy jako národní plemeno. Poslední přírůstek vlčí krve se uskutečnil v roce 1983. Vlk Lejdy zoo Ohrada v Hluboké nad Vltavou porodila poslední linii nového plemene, otcem štěňat byl německý ovčák Bojar von Shottenhof. Od té doby se chov provádí pouze u uzavřených populací a u rozvinutého plemene uvedeného jako československý vlčák.
V roce 1989 byl prozatímně uznán jako standard FCI č. 332, skupina 1, oddíl 1. Na Světové výstavě psů v Brně získal titul „mistr světa“ 199 0. O deset let později, v roce 1999, plemeno potvrdilo svoji životaschopnost a splnilo všechna kritéria FCI, čímž získalo plné uznání československého plemene vlčák.
V roce 2012 mělo toto plemeno 168 dospělých fen a 170 dospělí muži oficiálně registrovaní v České republice. Od ledna 2014 je každoročně nejvíce štěňat registrováno v Itálii (až dvě stě), v České republice (asi 100) a na Slovensku (asi 50). Toto plemeno roste na popularitě i ve Velké Británii, přičemž řada čs. Vlkodavů pracuje v pátrání a záchraně, podporována specializovaným plemenným klubem.