La colangitis esclerosante primaria es una afección que afecta los conductos biliares. Estos conductos transportan la bilis (un líquido que ayuda a digerir las grasas) desde el hígado, donde se produce la bilis, a la vesícula biliar 
, donde se almacena, y al intestino delgado , donde ayuda en la digestión. La colangitis esclerosante primaria se produce debido a la inflamación de los conductos biliares (colangitis) que produce cicatrices (esclerosis) y estrechamiento de los conductos. Como resultado, la bilis no se puede liberar a la vesícula biliar y al intestino delgado, y se acumula en el hígado .
La colangitis esclerosante primaria generalmente se diagnostica alrededor de la edad 40, y por razones desconocidas, afecta a los hombres con el doble de frecuencia que a las mujeres. Muchas personas no presentan signos o síntomas de la afección cuando se les diagnostica, pero los análisis de sangre de rutina revelan problemas hepáticos. Cuando son evidentes, los primeros signos y síntomas de la colangitis esclerosante primaria incluyen cansancio extremo (fatiga), malestar en el abdomen y picazón intensa (prurito). A medida que la afección empeora, las personas afectadas pueden desarrollar una coloración amarillenta de la piel y el blanco de los ojos (ictericia) y agrandamiento del bazo (esplenomegalia). Con el tiempo, la acumulación de bilis daña las células del hígado, provocando enfermedad hepática crónica (cirrosis) e insuficiencia hepática. Sin bilis disponible para digerirlas, las grasas pasan por el cuerpo. Como resultado, puede ocurrir pérdida de peso y escasez de vitaminas que se absorben y almacenan en grasas (vitaminas liposolubles). Una vitamina liposoluble llamada vitamina D ayuda a absorber el calcio y ayuda a endurecer los huesos, y la falta de esta vitamina puede causar un adelgazamiento de los huesos (osteoporosis ) en personas con colangitis esclerosante primaria.
La colangitis esclerosante primaria a menudo se asocia con otra afección llamada enfermedad inflamatoria intestinal, que se caracteriza por una inflamación de los intestinos que causa llagas abiertas (úlceras) en los intestinos y dolor abdominal. Sin embargo, el motivo de este vínculo no está claro. Aproximadamente el 70 por ciento de las personas con colangitis esclerosante primaria tienen enfermedad inflamatoria intestinal, más comúnmente una forma de la enfermedad conocida como colitis ulcerosa. Además, las personas con colangitis esclerosante primaria tienen más probabilidades de tener un trastorno autoinmunitario, como diabetes tipo 1, enfermedad celíaca o enfermedad de la tiroides, que las personas sin la afección. Los trastornos autoinmunitarios ocurren cuando el sistema inmunológico funciona mal y ataca los tejidos y órganos del cuerpo. Las personas con colangitis esclerosante primaria también tienen un mayor riesgo de desarrollar cáncer, particularmente cáncer de los conductos biliares (colangiocarcinoma).