El club tiene sus raíces en un viaje de 1889-1890 de William K. Vanderbilt, Edward Meade y Duncan Cryder a Biarritz, en el sur de Francia, donde se encontraron con el campeón de golf Willie Dunn. , de Escocia, que estaba construyendo un campo de golf en el resort.
De regreso en los Estados Unidos, Meade y Cryder buscaron un lugar para un campo de golf cerca de la ciudad de Nueva York. Meade, conocido por sus payasadas de vaqueros en el comercio de productos básicos, estaba convencido de que el norte del estado de Nueva York sería el lugar ideal, pero Cryder prefería una parcela de tierra en Yonkers. Al final, eligieron las colinas adyacentes a Long Island Rail Road, al este del canal Shinnecock. La parcela original de 80 acres (32 ha) fue comprada a desarrolladores por $ 2,500 y 44 miembros originales se inscribieron por $ 100 cada uno.
Willie Davis, el profesional del club del Royal Montreal Club, diseñó un campo que se inauguró a finales del verano de 1891. Los miembros de Shinnecock Indian Nation ayudaron a construir el campo, que se encuentra en la gran extensión de tierra que la Nación reclama que les fue arrebatada ilegalmente por los primeros colonos del área en 1859. El Club hoy honra su conexión a la herencia de la nación con su emblema que representa a un jefe nativo americano. Stanford White diseñó la casa club de 1892, que se dice que es la casa club de golf más antigua de los Estados Unidos. Un campo de nueve hoyos solo para mujeres fue diseñado y construido en Shinnecock Hills en 1893, el primer campo de golf para mujeres en la historia de Estados Unidos.
1901
En 1894, Dunn llegó y agregó seis hoyos más para hacer un total de 18. Ese mismo año Dunn ganó el torneo que fue inaugural. intento de establecer un campeonato nacional en Newport, Rhode Island, pero esta victoria no fue reconocida como oficial. Más tarde, en 1894, Shinnecock Hills fue uno de los cinco clubes fundadores de la Asociación de Golf de los Estados Unidos, establecida en la ciudad de Nueva York. La nueva USGA celebró el primer Abierto de Estados Unidos en 1895 en Newport, Rhode Island.
En 1896, el entonces Shinnecock de 4570 m (5000 yd) fue sede del segundo Abierto de Estados Unidos. Muchos jugadores rompieron 80 en el evento de 36 hoyos, lo que generó demandas para aumentar la dificultad del campo. En el Abierto de 1896 participó el jugador profesional negro John Shippen, considerado por muchos historiadores como el primer golfista profesional nacido en Estados Unidos.
En 1901 Charles B. Macdonald y Seth Raynor incorporaron el campo de damas en un campo ampliado y rediseñado, conservando cinco de los hoyos originales de Dunn.
William Flynn rediseñado ampliamente el campo en 1931 en una configuración de 6.740 yardas (6.163 m). El diseño de Flynn conserva cinco de los hoyos de Macdonald y Raynor, y el green de un sexto hoyo diseñado por esos dos. Antes del US Open de 2004, el campo se extendió a una longitud de 6,996 yardas (6,397 m) mediante la adición de tees adicionales.
Shinnecock Hills ocupó el segundo lugar en la clasificación de los 100 mejores campos de Golf Digest para 2007, 2008 y tercero en 2009.
Se mantuvo su enrutamiento y se agregaron varios tees nuevos, en preparación para el US Open 2018; el campo se extendió a 7,440 yardas, conservando su par de 70. Shinnecock Hills está programado para albergar el US Open 2026.
El club también mantiene un campo secundario de nueve hoyos para uso de sus miembros.