Scout y soldado
Durante la Guerra Civil estadounidense (1861–65), Cody sirvió por primera vez como explorador de la Unión en campañas contra los kiowa y los comanches. y más tarde (en 1863) se alistó en la Séptima Caballería de Kansas, que entró en acción en Missouri y Tennessee. Después de la guerra, trabajó para el ejército de los Estados Unidos como explorador civil y portador de despachos en Fort Ellsworth en Kansas (1866-1867). En 1867-1868 cazó búfalos para alimentar a los equipos de construcción del ferrocarril Union Pacific. Durante este tiempo se dice que mató unas 4.280 cabezas de búfalos, y pronto se hizo conocido como el campeón asesino de búfalos de las Grandes Llanuras.
Cody adquirió una reputación no solo por su puntería precisa, sino también por su recuerdo total del vasto terreno que había atravesado, el conocimiento de las costumbres indígenas, el coraje y la resistencia. Fue solicitado como explorador y guía, principalmente para la Quinta Caballería de Estados Unidos, durante gran parte del intento del gobierno de acabar con la resistencia india al asentamiento de la tierra al oeste del río Mississippi (1868-1876). En 1872, el general Philip Sheridan organizó a Cody y al teniente. El Coronel George Armstrong Custer para guiar al Gran Duque Alexis de Rusia en un viaje de caza que había sido organizado por el Presidente de los Estados Unidos. Ulysses S. Grant. Ese mismo año, Cody, quien frecuentemente aceptaba asignaciones peligrosas que otros rechazaban, recibió la Medalla de Honor por sus heroicas acciones el 26 de abril como explorador de un contingente de la Tercera Caballería que perseguía a los indios que habían robado caballos del ejército cerca de Fort McPherson en Nebraska. . (El honor fue revocado en 1916 como parte de una revisión general para identificar a las personas que habían recibido el premio pero que técnicamente no habían sido miembros del ejército como oficiales o soldados. Los exploradores se clasificaron como civiles. Sin embargo, el Ejército de los EE. UU. Restauró la medalla of Honor to Cody póstumamente en 1989.) Durante su servicio militar, la reputación de Cody siguió creciendo. En total, se cree que participó en 16 peleas indias, incluido el muy publicitado scalping (17 de julio de 1876) del guerrero cheyenne Yellow Hair (erróneamente traducido como Yellow Hand) en el condado de Sioux, Nebraska, que fue aclamado como un respuesta a la masacre del mando de Custer en la Batalla de Little Bighorn a principios de año.